17 апреля 2025 г. за вклад в развитие сферы научной деятельности и добросовестный труд главному научному сотруднику Палеонтологического института им. А.А. Борисяка РАН М.А. Шишкину объявлена Благодарность Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (приказ Минобрнауки России от 17.04.2025 г. № 178 к/п).